уровень полиморфизма у живых ископаемых

[udalov]

заинтересовал вопрос об уровне полиморфизма у живых ископаемых и у, например, видов-эндемиков. кто что посоветует об этом почитать?

в связи с чем вопрос. в оптимальных условиях существования популяция стремится максимально освоить имеющуюся у неё территорию, при этом максимально реализуя свой фенотип за счёт генетического полиморфизма.

а как с этим, например, у латимерии? почему не расширяется ареал, не объединяется в единый около мадагаскара, а остаётся разорванный?

[Влад]

Так вроде есть мнение, что около Мадагаскара вылавливают латимерий, которых когда они были ещё мальками принесли течения от берегов Индонезии.

[udalov]

хорошо, тогда как с полиморфизмом латимарии у берегов индонезии? и откуда такое мнение?

[Gilgamesh]

Латимерия - не лучший выбор для модельного объекта. Они малочисленны, ловятся редко, выборку набрать трудно. На примере другого "ископаемого"

AFLP analysis of genetic variation among three natural populations of horseshoe crab Tachypleus tridentatus along Chinese coast

http://www.springerlink.com/content/2836167tj1v3kg24/

The AFLP (amplified fragment length polymorphism) technique was used to analyze and compare the genetic diversity of Tachypleus tridentatus from three south-eastern coastal sites of China (Pingtan, Hong Kong and Beihai). Eight pairs of primers generated 361 loci, including 285 polymorphic loci. The ratio of polymorphic loci was 96.97%. Nei’s genetic diversity index was 0.420 8 and the Shannon information index was 0.607 5, both of which were higher than that reported for many other arthropods. These results show that the genetic diversity detected was mainly caused by individual differences within a population. Genetic distance showed that the rational division of the three geographic populations of T. tridentatus along the south-eastern coast of China was not significant, in which the genetic distance was not proportional to the geographic distance. All three horseshoe crab populations may belong to a large group, and had a high degree of genetic similarity. The high level of genetic diversity obtained from the present AFLP analysis may be due to the large effective population size of the species in Chinese waters.

Хотя может и по латимерии что есть.

[Дж. Тайсаев]

заинтересовал вопрос об уровне полиморфизма у живых ископаемых и у, например, видов-эндемиков. кто что посоветует об этом почитать?

в связи с чем вопрос. в оптимальных условиях существования популяция стремится максимально освоить имеющуюся у неё территорию, при этом максимально реализуя свой фенотип за счёт генетического полиморфизма.

а как с этим, например, у латимерии? почему не расширяется ареал, не объединяется в единый около мадагаскара, а остаётся разорванный?

Однозначно низкий (за редкими исключениями), кроме совсем уж примитивных форм, у них потенциал эволюционной пластичности выше, за счёт меньшей интеграции. Я в этом неоднократно убеждался при изучении географической изменчивости бурозубок по краниальному и посткраниальному скелету. Среднеквадратичное отклонение и трансгрессия между выборками разных районов на порядок ниже у эндемиков, той же sorex raddei в сравнении с Sorex minutus. А с целакантом это действительно сложно доказать

[udalov]

Латимерия - не лучший выбор для модельного объекта. Они малочисленны, ловятся редко, выборку набрать трудно.

у меня другой объект, гораздо удобнее латимерии - колорадский жук. ом многочисленен, ловится часто, выборку набрать легко )). просто задумался о некотором аспекте, и подумал - а как с этим у локально живущих организмов.

кстати, слышал, что полноразмерный геном латимерии секвенируют, возможно, скоро будут статьи об этом.

[Gilgamesh]

Но он - не живое ископаемое и не эндемик, к несчастью для картошки

[udalov]

и к счастью для меня. просто возникла мысль одна о колорадском жуке, и стал я думать, а как это у других видов, которые эндемики.

[Gilgamesh]

О чем мысль?

[василий андреевич]

В какой-то теме, ДНА-идеа, по моей просьбе сравнил "живых ископаемых" с рудиментарностью. То есть отживающим и закрепощенным для дальнейшего развития признаком. На мой взгляд, такое сравнение весьма плодотворно.
  Но возникают ряды вопросов. В биологии полиморфизм какой-то застывший термин, показывающий разнообразие как данность. В палеонтологии он должен проявляться как процесс ветвления к каким-то потенциальным возможностям. И основное - обусловлены ли эти возможности "таблицей Вавилова-Менделеева" или эти возможности вырабатываются в процессе развития самого организма, допустим, как борьба за внедрение между уже существующими "табличными" видами?
  Мы создаем сорта картошки, а колорадский жук создает свои рудиментирующиеся подвиды, способные эту новую картошку поедать. Если у картошки есть заранее ограниченный перечень полиморфных вариаций, то такой перечень может быть и у колорадского жука.

[udalov]

О чем мысль?

вот пишу в статье элементарную вроде фразу "В оптимальных условиях существования популяция стремится максимально освоить имеющуюся у неё территорию, при этом максимально реализуя свой фенотип".

и задумался: а всегда ли так? та же латимерия существует вроде в оптимальных для неё условиях, всё-таки столько времени прожила как вид. а насколько максимально она освоила территорию, насколько максимально реализовала при этом свой фенотип?

[Дж. Тайсаев]

О чем мысль?

вот пишу в статье элементарную вроде фразу "В оптимальных условиях существования популяция стремится максимально освоить имеющуюся у неё территорию, при этом максимально реализуя свой фенотип".

и задумался: а всегда ли так? та же латимерия существует вроде в оптимальных для неё условиях, всё-таки столько времени прожила как вид. а насколько максимально она освоила территорию, насколько максимально реализовала при этом свой фенотип?

Знаете, я сам задумался давно над этим. Тот же стабилизирующий отбор теоретически может отсекать крайние аномалии и постепенно это может уменьшить генетическую изменчивость. А по мере сокращения генетической пластичности вид неизбежно локализуется во всё более оптимальной части ареала. Конечно бывает и когда напротив, генофонд обогащается, но в стабильных условиях думаю так. Я начал с животных и после нашел аналогичные моменты и у человека, причём не только в его биологии. У меня именно об этом диссертация была "Роль пластичности в эволюции диссипативных систем".
Действительно молодые эврибионты как тот же колорадский жук, серая крыса, волк и т.д. гораздо пластичнее и мне кажется, что специализированные стенобионты обратно уже не в состоянии увеличить генетическую изменчивость, за редкими исключениями.
Вот гляньте мою статейку давнишнюю об этом

[василий андреевич]

мне кажется, что специализированные стенобионты обратно уже не в состоянии увеличить генетическую изменчивость, за редкими исключениями.

Как у стороннего наблюдателя, у меня сложилось впечатление, что путь к стенобионтам осуществляется за счет утраты/рассасывания генофонда. Но это вопрос для генетиков.
  Но вот почему число "исключений" мало? Есть два не исключающих друг друга ответа - "островной" и "фундаментальный".
  Ну мало "островов", где пересилившийся на них стенобионт мог бы дать виргирующие направления.
  "Фундаментальный" ответ говорил бы о утрате пластичности, как слишком сильное взаимодействие организмов-симбиотиков, выражающееся в принципиальной невозможности генома мутировать. Мутировать, конечно, можно, но любая сколь угодно малая мутация привела бы смерти организма.
  По всей "мало"вероятности, природа никогда не допускает организм до "фундаментальной" стадии, а убивает его раньше.
  Из такого подхода следует, что виргация в сторону снижения пластичности столь геологически быстрый процесс, что его можно считать деградацией в сторону превращения эволюционирующей системы в "костенеющую" среду. Среду для тех организмов, которые столь неудачны в борьбе за лучшие места, что вынуждены довольствоваться "отбросами" со стола приспособленцев. Но именно в этом стратегическая выгода, не теряющих пластичности. Именно они дадут новых деградантов в середу, которая стабилизируется симбиотическим закрепощением.

"В оптимальных условиях существования популяция стремится максимально освоить имеющуюся у неё территорию, при этом максимально реализуя свой фенотип".

Повисает непонятка в максимальной оптимальности использования фенотипа. Ведь выйдет, что мутация, как невереоятное стечение обстоятельств, уже предопределила характер тех генов, которыми организм будет жертвовать в угоду уже подготовленной провидением именно для него среды.
  Однако сам процесс "жертвования" может быть закономерно обусловленным, если предположить совместную деградацию симбионтов. Но тогда еще больше повисает вопрос о примате среды, отбирающей наиболее приспособленных.

[udalov]

а вот и статья о генетической структуре и филогеографии  утконоса на основе мтДНК http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-7998.2011.00854.x/full