Однако тут сразу же надо давать определения и врожденному, и приобретенному рефлексу. И взаимодействию между ними.
Ну, во-первых, приобретенный (условный?) рефлекс под определение инстинкта (которое я дал) не подходит, потому что противоречит словосочетанию "врожденная программа". Безусловному же рефлексу тогда придется давать определение.

Я думаю, что можно сказать, что безусловный рефлекс - это единое неделимое действие живого в ответ на раздражитель.
Как отличить от инстинкта? Если стукнуть молоточком по коленке, и нога дернулась - то это безусловный рефлекс. А если нога не просто дернулась, а написала в воздухе интеграл Пуассона - то это уже инстинкт.

Короче говоря, рефлекс - это неделимый бит информации. А инстинкт - это множество битов, врожденная программа.
Кусание собакой колес машины и получение за это еды - это условный рефлекс, выработанный на основе замещающего поведения, как мне правильно сказали. Скорее всего, все началось именно с действий собаки, а не водителей. Собака подбегала и кусала колеса машин. Пока, наконец, в один прекрасный момент ей не кинули еду. Всё. После этого у нее образовалась нейронная связь. Условный рефлекс сформирован.
Возможно, что инстинкт эволюционно формируется на основе различных рефлексов, точно также, как программа формируется на основе битов. Возможно даже, что за длительные многомиллионные годы эволюции программа начинает ветвиться, разделяться на функции, в ней появляются циклы, выполняющиеся конечное или бесконечное число раз, с условием прерывания выполнения. Возможно даже, что эволюция приведет к инкапсуляции и наследованию, то есть методам объектно-ориентированного программирования инстинктов. Но это нужны многие годы эволюции. На сегодня же, наблюдая окружающую природу, говорить о какой-то сверхмудрости в инстинкте не приходится. Очень многие инстинктивные программы совершенно линейны.
Гнать убегающего с лаем - это приобретенное собакой после знакомства с человеком. На охоте я многократно наблюдал, как собаки, загнавшие оленя или лося в воду следят только за тем, что бы жертва не вырвалась из воды до прихода охотника. Вожак же бросается в воду только после удачного выстрела и не все следуют за ним. И это не обученность, это приспособление инстинкта под диктатом рефлексов. Или "то" - не инстинкт.
Может быть, я ошибусь, но не может ли это выражаться просто обыкновенным нежеланием собаки залезать в воду? Ведь вряд ли она догадывается, что может стать жертвой. Неужели она обладает таким уровнем интеллекта?