Hox-гены рушат дарвинизм? Вопрос к профессиональным генетикам

[Ромашишка1971]

Удаление перечисленных генов из эмбриона полосатого данио, как и ожидалось, привело к потере актинотрихии и регрессии протоплавников в промежуточные структуры (наподобие тех, что палеонтологи находят у ископаемых видов, двигавшихся по эволюционному пути от рыб к четвероногим существам).

Ну вот видите, нигде ни слова про ноги... Некие промежуточные структуры, что и должно быть. Они имеют приблизительно те же размеры, что и плавник, и до размеров и функций конечностей им ещё очень далеко. Если бы они написали, что у неё выросла конечность - другое дело. А так, для того чтобы выглядеть как конечность, хотя бы "Кистепёрой рыбы"* или "Tiktaalik roseae", нужно пройти длительный отбор. Ничего выбивающегося из эволюционного ряда нет.
-----
Да, след того, что конечности развились именно из плавников мы наблюдаем и сейчас.
Точно как у рыб, количество костей в наших коненостях возрастает по направлению от тела к концу.
Многие кости наших конечностей гомологичны соотвествующим рыбьим(плечевая -> октевая+лучевая -> кости запястья). Это так к слову.
-----
* Примечание: О том, что далеко не все "Кистепёрые рыбы" могут быть нашими предками и о том, что "Латимерия"(Latimeria chalumnae) вернулась в море - я знаю.

[Imperor]

Некие промежуточные структуры, что и должно быть. Они имеют приблизительно те же размеры, что и плавник, и до размеров и функций конечностей им ещё очень далеко.

Роман, а почему плавники и конечности должны отличаться по размеру?

Если бы они написали, что у неё выросла конечность - другое дело. А так, для того чтобы выглядеть как конечность, хотя бы "Кистепёрой рыбы"* или "Tiktaalik roseae", нужно пройти длительный отбор.

Невнимательно читали. Пропустили вот это:

...В результате то, что должно было стать плавниками, превратилось в некие промежуточные между плавниками и конечностями структуры. Похожие полуножки были обнаружены у окаменелости полурыбы-полузверя  в 2006 году на севере Канады. Эта находка, названная Tiktaalik...

Как видите, после отключения 2 генов у них образовалась именно промежуточная структура, причем именно похожая на аналогичные образования у Tiktaalik.
Далее. Я знаю, чем отличается от настоящей конечности промежуточная структура, обнаруженная у ископаемой рыбы Tiktaalik. Главная проблема плавника тиктаалика в том, что у него в этом плавнике резко не хватает костей для предполагаемого образования "ладони" и пальцев. Т.е. это пока только мясистый (и костистый) плавник, и не больше  - появление, собственно, лапы пока еще ничего не предвещает.
Только вот дальше в той же обсуждаемой нами заметке рассказывается о другом открытии. Оказывается, у рыб (во всяком случае, у некоторых) уже имеется в наличии ген, запускающий формирование пальцев! Просто он у них неактивный. Вот соответствующая цитата:

...В первой фазе происходит рост конечности, во второй — формирование пальцев. У рыбки же данио второй фазы работы Нох-генов нет... ...Дэвис и его коллеги решили проверить геном у экзотических рыбок-веслоносов, более похожих на древних примитивных рыб. И обнаружили у них вторую фазу генов в неработающем состоянии.

Таким образом, получается, что если рыбе, подобной веслоносу, отключить два гена актинодин1 и актинодин2 и при этом одновременно заставить заработать молчащий ген, отвечающий за формирование пальцев, то возможно, мы и увидим воочию, прямо на наших глазах, рождение столь долгожданной переходной формы - а именно, самой настоящей конечности (пусть и предельно примитивной) вместо рыбьего плавника.

Теперь небольшие примечания:

Точно как у рыб, количество костей в наших коненостях возрастает по направлению от тела к концу.
Многие кости наших конечностей гомологичны соотвествующим рыбьим(плечевая -> октевая+лучевая -> кости запястья).

Всё-таки очень рекомендую Вам пройти по указанной мною выше ссылке и почитать обсуждение на форуме Кураева - это обсуждение проходило там на гораздо более серьезном уровне (чем мы делаем это сейчас), и в то же время, весьма доступно и со всеми необходимыми рисунками (правда, было много оффтопа).

"Латимерия"(Latimeria chalumnae) вернулась в море - я знаю.

Считается, что известная нам латимерия ни в какое море не возвращалась. По причине того, что она (эта конкретная латимерия) из него и не вылазила.

[Ромашишка1971]

Искреннего стремления у всех не заметил. Все аргументы "Креационистов", не что иное, как аргументы эволюционистов с приставками: "Вот де я силюсь понять, но не могу...". Это просто психологическая форма представить желаемое за действительное.
Зачем мне приводить в пример Andew Roussak, после вот этого:

"Значит, такой вот у нас шаг номер раз будет - две кости на месте одной плавниковой, и еще и соединенные хрящом....Ммммм.....Вообще-то это уже почти два шага, а не один..."
"Любой сустав любого Вашего пальца ( кроме большого ) имеет всего ОДНУ степень свододы ( согнуть-разогнуть в двух направлениях )."
"Представьте себе, что Ваше предплечье ( не дай Бог, только представьте ) получило такой шарнир между запястьем и локтем ( допустим, боли вы не чувствуете ). "

1. У рыб есть плечевая,локтевая и лучевая кости. То есть все наши суставы уже есть, осталость их снабдить более развитыми сумками, связками и т.д.
2. Первые четвероногие не бегали по суше, а сидели на мелководье, изредка приближаясь к берегу подобно земноводным. Лягушки и тритоны до сих пор так и делают. Соответственно и нагрузка на конечность удерживающую тело частично или полностью погружённое в воду была намного ниже, и достаточно было намного более слабой фиксации, чем у более поздних животных.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Кистепёрые_рыбы

Первоначально кистепёрые обитали в пресных водоёмах (затем некоторые представители вернулись в море, а пресноводные вымерли), испытывавших, вероятно, недостаток кислорода и мелководных. В результате у этой линии рыб развилась мускулатура в основании плавников (чтобы можно было двигаться с опорой на субстрат) и двойное дыхание (включая лёгочное).

Как видите, никаких внезапных шарниров и изломов, а всего лишь - "мускулатура в основании плавников". В тех условиях этого было достаточно для эволюционного преимущества;
3. Пальцы добавляются генами путём изменения экспрессии генов или их дупликации, поэтому добавляются целиком фрагменты, причём пальцы добавились в конец конечности. Как видите, нет одиноких костей без суставов и мышц. Полидактилия может быть вызвана у любого современного животного, и пальцы будут сразу с суставами и частью мышечного вооружения.
4. Добавление пальцев произошло гораздо раньше формирования современной конечности. Когда появились более развитые конечности, то пальцы пришлось наоборот - убалять в количестве...
5. Рисунок используемый на форуме вполне верно отражает эволюционный путь конечности, а психологические приёмы самоубеждения Andew Roussak, ничего общего не имеющие с искренностью, мне мало интересны.
P.S.
Впрочем я не вижу предмета для спора. Небыло ни одного аргумента в прошлом и сейчас, ответ на который нельзы было бы найти за пару минут. Все изыски Andew Roussak состоят в предявлении требований к виду с заведомым опережением и усложнением, например вместо перемещения рыбы по субстрату сразу заявлять, что животное не сможет подняться на конечность, чего на этом этапе эволюции не было.
Кстати, фото и видео с рыбкой прекрасно иллюстрирует, какими могли быть конечности без особых проблем с суставами и мышцами, как вариант естественно. 
Впрочем, я уже повторяюсь... Приведённый вами форум интересен с психологической точки зрания, да и для самих его завсегдатаев.

[Ромашишка1971]

Я ничего не пропускал, я в который раз Вам говорю, что оформление ответов занимает больше времени, чем поиск информации, за редким исключением   :
Открыт ключевой фактор превращения плавников в конечности

Рыбы заранее готовились к выходу на сушу

[Ромашишка1971]

Перестаньте искать то, чего нет... Ген кодирующий пальцы, кодирует их примерно так, как гены кодируют редуцированную промежуточную структуру, как вы правильно заметили "ничего не предвещает", то есть гены кодируют, то о чём никому неизвестно, что оно будет пальцами, ни рыбе, ни естественному отбору...
Это мы потомки, обнаружили гены, выяснили их положение в геноме, нашли, что они кодируют и пришли к выводу, что это предшественники пальцев. Сам биологический вид не знал, что это пальцы и ему никто не гарантировал этого на будущее. Было небольшое преимущество в несколько более жестком плавнике и только.
Если бы было сразу много генов, включение(или отключение) которых сразу создаст пальцы, это был бы аргумент. А так, вы просто показали одну из мутаций, совершенно естественный и один единственный шаг эволюции.
Смысл?

[Ромашишка1971]

Путешествия по форумам ничего не изменит в гомологичности, тем более, что она была проверена не только ещё в XIX веке сравнительной анатомией, но уже и в XX, XXI молекулярной биологией. Пусть посетители подобных форумом сами и ищут всё необходимое, а то опусы писать, как например Andew Roussak они умеют, а вот в справочник заглянуть некогда.

[Ромашишка1971]

На счёт Латимеррии - это ничего не меняет, я в курсе, что по ней ведутся споры, поэтому специально добавил Тиктаалика (Tiktaalik) на случай, если в ней будут сомнения.

[Imperor]

1. У рыб есть плечевая,локтевая и лучевая кости. То есть все наши суставы уже есть, осталость их снабдить более развитыми сумками, связками и т.д.

Роман. Вы меня шокируете. Пишете - уже есть локтевая, лучевая, плечевая кости... осталось всего лишь их снабдить сумками, связками и мышцами! Вы себе эту систему в целом представляете - связки + мышцы + кости?
По Вашей методике я так могу сварить запросто кашу из топора. А что, запросто - ведро, топор и вода уже есть. Осталось всего лишь добавить соль, тушенку и перловку.

2. Первые четвероногие не бегали по суше, а сидели на мелководье, изредка приближаясь к берегу подобно земноводным. Лягушки и тритоны до сих пор так и делают. Соответственно и нагрузка на конечность удерживающую тело частично или полностью погружённое в воду была намного ниже, и достаточно было намного более слабой фиксации, чем у более поздних животных.

Вопрос не в том, достаточно было или не достаточно. Вопрос в том, зачем было ослаблять эту фиксацию (а без мышц и связок будет ослабление).

Как видите, никаких внезапных шарниров и изломов, а всего лишь - "мускулатура в основании плавников". В тех условиях этого было достаточно для эволюционного преимущества;

Мускулатура в основании плавников - это НЕ ТА мускулатура (не гомологичная).

3. Пальцы добавляются генами путём изменения экспрессии генов или их дупликации, поэтому добавляются целиком фрагменты, причём пальцы добавились в конец конечности. Как видите, нет одиноких костей без суставов и мышц. Полидактилия может быть вызвана у любого современного животного, и пальцы будут сразу с суставами и частью мышечного вооружения.

Если экспрессия одного гена у рыбы вызывает на плавнике появление сразу И костей пальцев, И суставов пальцев, И соответствующих мышц, управляющих данным пальцем и прикрепленных куда надо, то это именно и есть замечательный наглядный пример того самого "конструктора-ЛЕГА", который представляет из себя геном.
Ничего себе, "случайная" эволюция Один ген изменил экспрессию и на плавнике отрасли пальцы с суставами, связками и мышцами и вчерашняя рыба побежала гонять в футбол

5. Рисунок используемый на форуме вполне верно отражает эволюционный путь конечности

Хм... Скажу одно, что нужно быть очень сильно верующим в эволюцию, чтобы увидеть между костистым плавником тиктаалика и лапой первого земноводного "плавный эволюционный путь конечности" без каких-либо скачков и переходов Так, по мелочи, бац! и ладонь появилась, бац-бац и пальцы к соответствующим костям ладони приделались в нужных местах с нужными суставами и нужной мускулатурой... Тогда уж давайте сделаем еще один эволюционный шаг - БАЦ!, и термиты стали ядовитыми

[Imperor]

Кстати, объясните, пожалуйста, где конкретно на этом рисунке:

Вы увидели у тиктаалика упомянутые Вами "плечевую, локтевую и лучевую" кости. И объясните, на каком основании их следует так называть.

[Ромашишка1971]

Если экспрессия одного гена у рыбы  вызывает на плавнике появление сразу И костей пальцев, И суставов пальцев, И соответствующих мышц, управляющих данным пальцем и прикрепленных куда надо, то это именно и есть замечательный наглядный пример того самого "конструктора-ЛЕГА", который представляет из себя геном.
Ничего себе, "случайная" эволюция Cheesy Один ген изменил экспрессию и на плавнике отрасли пальцы с суставами, связками и мышцами и вчерашняя рыба побежала гонять в футбол Smiley

Я этого не говорил!
Я говорил, что для создания дополнительного количества пальцев из уже имеющихся пальцев иногда достаточно изменить экспрессию всего одного гена. То есть, структура пальца, как такового, кодируется своими генами полученными в ходе эволюции и есть другой какой-то ген кодирующий их количество. Естествеенно, новые пальцы появляются сразу целиком, так как используют тот же генетический аппарат, что и предыдущие малочисленные пальцы(Полидактили).
У рыбы нет никакой информации о пальцах, ген включил образование нового ряда костей после предшествующего. В дальнейшем в ходе эволюции, они(кости) использовались до дальнейших построений. Для чего появились и свои гены и соответствующая анатомия, а у первой рыбы этого не было...
Как видите, ничего общего с вашими восклицаниями.
Смысл вносимых Вами искажений?
P.S.
Научитесь не искажать смысл высказывания своего оппонента или найдите себе другого...

[Gilgamesh]

оппонента или найдите себе другого...

На другом сайте, желательно. На Курайнике, например. Прикрою несколько темок. После вот этого про кистеперых мне стало стыдно, что я попустительствовал столько времени. БдительнЕй над и жестчЕе.

============

Ромашишка переслал под занавес, цитирую:

Кстати, классный сайт: http://www.devoniantimes.org/
Особенно схемы костей:
Tulerpeton curtum:

Tiktaalik roseae: