Hox-гены рушат дарвинизм? Вопрос к профессиональным генетикам

[Imperor]

1, 2, 4 свидетельсвтую о том, что эубактерии - другая ветвь, археи стоят близко к общему предку (ЛУКА), и Эукариоты ближе к ним. 3 - о симбиозе в результате чего появились митохондрии и хлоропласты. Честно говоря, уж такие банальные вещи (как родство генов вытекающие из общности происхождения) можно-то понимать...

Сначала небольшое замечание - Ваша интерпретация пункта 3 не пойдет по причине того, что гены митохондрий и пластид вообще не рассматривались. Это были данные по ядерной ДНК эукариотической клетки.
Теперь по существу. DNAoidea, Вы поняли, что сказали? Смотрите логическую цепочку обсуждения:
1. Я говорю - у медузы и мухи гены глаза совпадают с таковыми у млекопитающих (а у медузы - вообще человечьи). А гены каротиноидов у тлей - идентичны грибным. Разве это нельзя интерпретировать, как свидетельство в пользу гипотезы "универсального генома"?
2. Мне отвечают, что всё это, возможно, случаи параллельного переноса.
3. Я говорю - объяснять такие вещи параллельным переносом - это дурной тон. Т.к. в этом случае даже если мы встретим полнейшую генетическую "химеру" (где гены самых разных организмов перемешаны между собой), то это тоже можно будет прекрасно "объяснить" суровым параллельным переносом.
4. Мне отвечают - Вы сначала приведите такую "химеру", а потом поговорим.
5. В ответ я привожу такую химеру - геном эукариотической клетки.
6. Вы мне ответ - ну это же совсем не то! Это общий предок + симбиотическое происхождение органелл (которое, кстати, в данном случае не при чём - см. выше).
Кстати,  в связи с последним у меня вопрос - Вы видели этого общего предка? Ткните пальцем хотя бы в одну бактерию, которая бы напоминала строение эукариота.

[Imperor]

И последнее. Как так получилось, что у эукариот исходные (от "ЛУКИ") гены быстро дуплицировались, видоизменялись, превращались во что-то другое, изменяясь точечными мутациями до неузнаваемости и формируя принципиально новую информацию... и в результате мы получили шмеля, осьминога и человека... А в археях эти же гены не дуплицировались, точечными мутациями не "бились", и как были исходными генами "ЛУКИ", так ими и остались за ТРИ С ПОЛОВИНОЙ МИЛЛИАРДА ЛЕТ?
ПОЧЕМУ археи НЕ эволюционировали ни во что за 3.5 миллиарда лет?
Или по другому - почему археи совершили свой чисто гипотетический (т.е. висящий "на соплях" спекуляций ученых) эволюционный подвиг - "вытолкнули в жизнь" эукариотическую клетку, и с тех пор, видимо, осознав, какое великое для эволюции дело они сделали, успокоились, больше не мутировали даже случайно, сохранили свои гены в исходном виде, и даже не дивергировали в соседние экологические ниши, например, не стали фотосинтезировать с помощью хлорофилла, как это делают цианобактерии? Более того, за 3.5 миллиарда лет бактериального сожительства они даже не позаимствовали (пресловутым параллельным переносом) фотосинтетические гены у своих бактериальных соседок?
В общем, что такое случилось с археями - это у них произошло настоящее АНТИэволюционное чудо, или же просто "так случайно вышло"? Как Вы считаете?

[DNAoidea]

Объясните пожалуйста, как связана выполняемая геном функция с его физическим расположением на хромосоме?

я уже объяснил. если вы не в теме, то к чему мучить клаву?

Т.е. если человечьи гены (глаза, меланина и др.) имеются также у колониального жгутикового и кубомедузы,

во-первых, что такое гены глаза? во-вторых приведите последовательности этих генов и их выравнивание - тогда и будем говорить про то, что у кого есть, в третьеих - что такое "человечьи" гены? у человека уникальных генов нет

то здесь всё нормально для теории эволюции, просто я что-то неправильно понимаю по причине малознания в данной области?

ну хоть что-то написали правильно
насчёт эукариот - так ведь гены митохондрий и хлоропластов иногда из них вылезают в ядро - вот у митохондрий очти все гены поубежали таким образом... а вообще мы настолько тесно соседствуем с бактериями, что не мудрено и заиметь гены - за такой-то срок...

ПОЧЕМУ археи НЕ эволюционировали ни во что за 3.5 миллиарда лет?
...
Более того, за 3.5 миллиарда лет бактериального сожительства они даже не позаимствовали (пресловутым параллельным переносом) фотосинтетические гены у своих бактериальных соседок?

они быстро нашли свою нишу и в ней и остались - цианобактерии сами с усами и просто так к себе кого попало пускать не станут
что-то вы скатываетесь на уровень банального креациниста - "на соплях", "почему не эволюционировали" - мелко это всё - никто э не объязан эволюционировать - мутации-то есть всегда, но не всегда они закрепляются (дожили - на эволюционном форуме такое объяснять)

[Николай]

у человека уникальных генов нет

 А вот это уже интересно.
 Совсем нет? Мне почему-то казалось, что некоторое количество уникальных генов всё же имеется, пускай их процент и ничтожно мал.
 Неужели всё упирается просто в разные (уникальные) комбинации неуникальных генов?

[DNAoidea]

Совсем нет? Мне почему-то казалось, что некоторое количество уникальных генов всё же имеется, пускай их процент и ничтожно мал.

то есть именно генов нет - то есть тех, которые продуцируют макромолекулы уникальной структуры и функий. Уникальные аллели конечно есть.

Неужели всё упирается просто в разные (уникальные) комбинации неуникальных генов?

в основном да - в паттерны регуляции

[Imperor]

я уже объяснил. если вы не в теме, то к чему мучить клаву?

Значит, объясните попроще. Четко - каким образом физическое положение генов на хромосоме может быть связано с выполняемыми ими функциями?
Можно на конкретном примере - например, когда Hox-ген, отвечающий за формирование шеи (условно), идет строго за Hox-геном, отвечающим за формирование головы, а за "шейным" геном, в свою очередь, идет ген, формирующий крылья?
Или Вы считаете, что и голова, и шея, и глаза и крылья формировались эволюцией у каждого организма в одно и то же время и из одного и того же?
В общем, объясните этот пример еще раз четко.

[Imperor]

ну хоть что-то написали правильно насчёт эукариот - так ведь гены митохондрий и хлоропластов иногда из них вылезают в ядро - вот у митохондрий очти все гены поубежали таким образом... а вообще мы настолько тесно соседствуем с бактериями, что не мудрено и заиметь гены - за такой-то срок...

Т.е. вотын он, тут как тут, суровый параллельный перенос Куда же без него, при объяснении явно сконструированного генома

...они быстро нашли свою нишу и в ней и остались - цианобактерии сами с усами и просто так к себе кого попало пускать не станут

Так-так Хорошо, объясните мне, почему тогда, наоборот, цианобактерии сами не эволюционировали и не повышибали архей из их экологических ниш (сделав этих архей "достоянием истории"), если, как Вы сами пишете, цианобактерии "сами с усами" (т.е. очень грозные для архей ребята)?
Прежде чем начнете постить, советую Вам хорошенько подумать над ответом - а то ведь здесь Вы переходите с привычной для Вас "генетической почвы" в область "экологических ниш", которые, в свою очередь, для меня "всех прекрасней и милее" (С). В общем, думайте.

что-то вы скатываетесь на уровень банального креациниста - "на соплях", "почему не эволюционировали" - мелко это всё - никто э не обязан эволюционировать - мутации-то есть всегда, но не всегда они закрепляются (дожили - на эволюционном форуме такое объяснять)

Если этот довод используют креационисты, то значит, правильно делают. Этот довод - почему это, собственно, и архе- и эубактерии за 3.5 миллиарда лет не превратились ни во что (ископаемых бактерий возрастом 3 млрд. лет можно спокойно определять по современным определителям) - этот довод чрезвычайно сильно бьет по теории эволюции. Это даже намного серьезней, чем анекдот с "микроэволюционирующим щитнем летним"

[Imperor]

во-первых, что такое гены глаза?

Насколько я понимаю, Hox-гены глаза, это такие гены, которые запускают развитие глаза. И как следует из приведенной выше ссылки, эти гены настолько схожи у кубомедузы и человека, что это напоминает известную российским гражданам историю с "человеком, чрезвычайно похожим на генерального прокурора"
Точно такая же ситуация, насколько я понял, с геном человеческого меланина в геноме колониального жгутикового.

...во-вторых приведите последовательности этих генов и их выравнивание - тогда и будем говорить про то, что у кого есть

А не слишком ли Вам, пардон, жирно будет, DNAoidea? Я НЕ являюсь специалистом в данной области. Я предъявляю ссылки (журналисткие, причем не одну, а аж ДВЕ штуки, на аналогичные открытия), и удивляюсь им. А специалист DNAoidea ничего об этом не знает, но ничему не удивляется и требует от МЕНЯ (не специалиста ) каких-то там выравниваний... Нет уж, DNAoidea - сами покопайтесь в современной научной литературе из ВАШЕЙ области, найдите соответствующие данные (о выравнивании и чего там еще) и опровергните меня здесь. Сбросьте, так сказать, с пьедестала. Покажите "Кузькину мать". Как специалист.

[Imperor]

А вот это уже интересно.  Совсем нет? Мне почему-то казалось, что некоторое количество уникальных генов всё же имеется, пускай их процент и ничтожно мал.  Неужели всё упирается просто в разные (уникальные) комбинации неуникальных генов?

Да, Николай. Вы совершенно правы! Это ЧРЕЗВЫЧАЙНО интересно! Когда несколькими легкими штришками (по геному) обезьяна превращается в человека! Это именно та ситуация, которую я описывал, как идею "конструктора-ЛЕГО". Т.е. вроде бы, несколько случайных поворотов... и РАЗ - из машинки самолетик получился... потом еще несколько как бы случайных поворотов - и подводная лодка поплыла... еще чуть-чуть крутанем... ракета в космос полетела...
Только вот те кто думает, что такое возможно СЛУЧАЙНО - просто добрые и наивные люди Очевидно, что подобный генетический конструктор должен быть НАСТОЛЬКО продуман, что мы даже пока, наверное, не можем себе представить, насколько он продуман. В любых других случаях при "случайных поворотах" будет получаться бессмыслица, а не "машинки-самолетики-подводные лодки-ракеты".
А вот, кстати, и наглядный пример (наглядное открытие) подоспело Оно абсолютно явно свидетельствует в пользу озвученной мной идеи "геномного конструктора-ЛЕГО". Вот эта статья, пожалуйста - "легким движением руки"... рыбы превращаются в четвероногих!:
http://www.expert.ru/printissues/expert/2010/26/news_geny_i_nogi/
Как видите, "легким движением руки" рыбы отключают себе два гена... и получают лапы.
Вот такие вот дела, ребята... Понятно, что до идеи "генома-конструктора" я додумался далеко не первым. Но похоже, я был первым, кто имел наглость эту, в общем-то, очевидную мысль опубликовать И поскольку я подвергся за эту публикацию некоторому гонению, то я, как "первопроходец-мученик науки" требую теперь себе Нобелевскую премию!!!

[DNAoidea]

Imperor - у меня нет ни малейшего желания читать вам курсы генетики развития, биоинформатики и объяснять что такое экологичкие нишы. Оставляйте видео-игры и беритесь за учебники - никакого пьедестала у вас нет, и скидывать вас неоткуда - разве только тянуть за уши, хотя по-моему это уже поздно и бесполезно. Вы говорили обо всех этих вещах - будть добры - под свои же слова подведите базу, а то как-то странно получается. Могу только сказать - нет гена, "формирующего" шею, есть только в лучшем случае те, которые индуцируют экспрессию генов, вызывающие рост характерных для для отдела тела органов. Hox гены - это регуляторы регуляторов. Невозможно объяснить интегрально-дифференциальное исчесление раньше, чем ученик освоит деление. Вы можите написать хоть сто сообщений подряд, но от этого ваше понимание не изменится - надо читать, и желательно серьёзную литературу.

[Ромашишка1971]

Как видите, "легким движением руки" рыбы отключают себе два гена... и получают лапы.

К чему писать такое высказывание?
Из содержания приводимой ссылки этого никак не следует.

[Ромашишка1971]

Это так, вдогонку, "В Мире интересного..." :
Фото:

Видео рыбки, с рекламной вставкой...

[Imperor]

Imperor - у меня нет ни малейшего желания читать вам курсы генетики развития, биоинформатики и объяснять что такое экологичкие нишы.

DNAoidea. Не льстите себе. Ваши знания генетики развития, биоинформатики и тем более, экологии, настолько низки, что ни о каком преподавании Вами этих дисциплин не может быть и речи. А учитывая то, что Вы совершенно не способны к освоению и критическому анализу новой информации, да еще и пишете при этом с грамматическими ошибками, то я бы хорошо подумал, допускать ли Вас хотя бы к преподаванию дисциплины "Окружающий мир" в начальных классах средней школы. Вы не в состоянии ничего объяснить внятно. Вообще мало знаете биологию и поэтому банально неинтересны, как собеседник. В ответ на простой вопрос занимаетесь позерством. Более того, Вы даже не чувствуете, когда над Вами незаметно иронизируют. Зачем Вы вообще занимаетесь интеллектуальной деятельностью? Что Вы делаете на этом форуме?

[Imperor]

Из содержания приводимой ссылки этого никак не следует.

Роман, ну почему же не следует? Из ссылки как раз следует, что если включить Hoх-гены (второй фазы), имеющиеся у рыб веслоногов, при этом отключив гены актинодин1 и актинодин2, то мы и должны получить вместо плавников нечто похожее на ноги, причем с пальцами. Очевидно, что с такой штукой можно уже вполне податься в земноводные.

[Imperor]

Это так, вдогонку, "В Мире интересного..." :

Да, рыбка выглядит весьма занятной.
Кстати, могу порекомендовать интересную ветку обсуждений вот здесь:
http://kuraev.ru/index.php?option=com_smf&Itemid=63&topic=320035.msg4989945#msg4989945
Здесь была сделана попытка (участник форума Andew Roussak) вывести лапу с пальцами из плавника рыбы с позиции чисто инженерных решений (т.е. без затрагивания мутаций, генов, естественного отбора и реальных данных палеонтологии). Andew Roussak пытался представить такой переход с позиций серии последовательных конструкторских решений, каждое из которых должно было как-то улучшать приспособленность предполагаемой переходной формы. Из обсуждения ветки видно, что даже с помощью голой инженерной мысли невозможно представить себе промежуточную стадию между плавником и лапой.
Например, даже если появятся пальцы, то без суставов и мышц такие пальцы будут только вредны... Если в основании плавника (которым упирается о дно ваша рыба) внезапно образуется перегиб (прообраз сустава), то это тоже снижает приспособленность, т.к. без соответствующих мышц падает степень жесткости опоры и т.п.
В результате, несмотря на искреннее стремление всех участников обсуждения (как эволюционистов так и креационистов) понять с инженерной точки зрения эволюционный переход от плавника к лапе, этого так и не случилось, и вопрос так и повис неразрешенным.