Уровни организации материи

[pavel]

1.   В принципиальном плане представление о молекулярных орбиталях не может быть аргументом против. Соответствие «протон – электрон» остается – это основа представления об атомах. То что бактериальные геномы объединились в одну клетку – эукариотическую и экспрессия тех или иных генов находится под контролем других генов (может и в другой хромосоме) совсем не означает что генетический код исчез. В этом примере это прямая аналогия объединению атомов в молекулу.
2.   Вовсе не обязательно, почему все сочетания должны чему-то соответствовать. Откуда вы это взяли?
3.   Суть одна: тройки нуклеотидов соответствуют одной аминокислоте и, аналогично,  тройки кварков соответствуют одному электрону. Ни причем здесь ни длина, ни что либо подобное – это АНАЛОГИЧНЫЕ  отношения, а не одни и те же.
4.   Со смыслом вашего утверждения согласен. Предположение по поводу нейтронов лишь предположение и не  принципиально для всей теории. Хотя иметь ввиду возможность такой аналогии надо, поэтому она и приведена (в случае  психики то же возможны такие аналогии).
По поводу элементарных частиц я считаю по другому.

[pavel]

Недавно нашел в интернете информацию по теме, которую давно искал. А именно изложение  взглядов известного генетика член-корреспондента АН СССР Рапопорта И.А. : http://www.rapoport-genetika.ru/course/institute/?id=82
Как и предполагалось его мысли во многом изоморфны моим. Его предположения перекрываются с частью тех идей которые изложены в этой теме. Это на мой взгляд говорит о том что движение мысли в правильном направлении.

[gleb]

Павел, хотелось бы услышать ваши комментарии по поводу теоремы Егора на соседней ветке в русле ваших идей.

[gleb]

Здравствуйте, Pavel! Рад, что вы не забываете свою тему. У меня возникла пара соображений по поводу вашей теории.
1. Можно ли говорить, что каждый уровень организации требует усложнения способа кодировки информации?
2. Если рассмотреть коды, используемые человеком, то найдем:
-двоичные (морзянка и т.д.)
- цифровые (десяти и двенадцатиричные)
- языковые (33 буквы в кириллице...)
Усматривается ли вами какая-то система в них?
3. Насчет кодировки генетической. Там же есть еще один тип кодировки, где совмещаются тРНК и аминокислоты (аминоацил-тРНК-синтетазы).  Да и по трехбуквенности все не однозначно.

[pavel]

Gleb

Здесь использована модель двоичного кода и только его. С повышением уровня организации возрастает количество сообщений которые можно закодировать . Физический уровень – одно сообщение, химический уровень - два варианта сообщений (это u- и d-кварки), биологический уровень – четыре варианта сообщений (четыре вида нуклеотидов), психологический уровень – восемь (предположительно хромосомы либо их комплексы). То есть даны четкие критерии усложнения.

По поводу сопоставления тРНК и аминокислоты (аминоацил-тРНК-синтетазы). Собственно это не кодировка, а химический процесс, избирательность которого обусловлена многими факторами. По поводу же трехбуквенности я не вижу никакой неоднозначности, этот принцип выполняется во всех известных процессах биологической организации.

[gleb]

Здравствуйте,  Pavel!
С синтетазами тоже есть забавные штуки. Например, внегенные супрессии нонсенс-кодонов, некоторые из которых как раз связаны с изменением соответствия тРНК- а.к-та.
Насчет трехбуквенности кода - у меня еще в голове не созрело то, что я хотел этим сказать. Так что лучше промолчу.
Вообще, сейчас читаю вашу соседнюю тему. Длинную. У меня создается впечатление по всем этим спорам, что мы (я не исключение) просто рады найти "соринки в глазах оппонентов", тогда как "свои бревна" усиленно не замечаем. И еще пока не наблюдается, что "в споре рождается истина". Вот вы видели, чтобы кто-то изменил свою родную теорию в результате споров? Я пока нет. То ли оппоненты слабы (отнюдь), то ли мы их доводов не замечаем (как с Egor(ом)). Пытаюсь дальше понять суть вашей гипотезы.

[pavel]

Я не биолог и «внегенные супрессии нонсенс-кодонов» для меня звучит слишком непонятно с учетом практически отсутствия информации по данному явлению в Интернете (я поискал). Отвечать не понимая трудно. В общем сложилось общее представление но здесь все же нужна точность. Поясните обычным языком пожалуйста суть явления.
В принципе по моему мнению «генетический код» вовсе не код в строгом смысле этого слова. На данный момент у меня такая точка зрения сложилась. Это некий семиотический конструкт – нечто наподобие конструкции «знак-значение», где знаки – это нуклеотиды, значение – аминокислоты. Кодовые отношения заложены в разнообразии нуклеотидов – их четыре типа всегда участвует.

По поводу изменения точки зрения в результате дискуссий. Я меняю свою родную теорию постоянно – в сторону уточнения. Взять хотя бы такой большой блок – как понятие психики. У меня были довольно неопределенные представления до начала дискуссий. Разумность несапиентных антропоидов не была отвергаема. На сегодня и фактический материал и дискуссия меня привели к очень твердому убеждению что досапиентные формы были неразумны, то есть это обычные животные без психики.
В данном вопросе мне кажется следует различать два случая. В первом есть «родная теория» и человек выступает с ее позиций. Тогда возможно говорить об изменении и дискуссии собственно. Во втором – как таковой «теории» нет, а есть только желание высказать свою точку зрения между делом. То есть здесь собственно и изменять нечего – ну поговорили и разошлись. То есть разная мотивация в каждом из вариантов. Я отношу себя к первому варианту. Эта «родная теория» - дело моей жизни, соответственно так к ней я и отношусь. У меня получается мысль в этом направлении и я работаю. Для участников со вторым вариантом участие в данной теме – возможность разрядки, то есть нет прямой мотивации, соответственно нет и «теории», соответственно нечего и менять.

[gleb]

Pavel, здравствуйте.
О супрессиях и о коде. Вообще, в понятии "генетическая информация" заложено несколько уровней этой самой информации (не придираясь к значениям слов). И на каждом уровне происходит реализация "своей информации". То, что мы говорили о триплетном коде- это информация для процесса трансляции. А для транскрипции- свое понятие гена и информации, там свои информационные сигналы. Более того, признав, что генетической информацей  является та, что транслируется в пептиды, мы лишимся понимания роли остальных примерно 99% нуклеотидов ДНК, т.е. возводим не менее 90% ДНК в разряд "необязательной для кодирования и обеспечения жизненных функций, эгоистичной".
Кстати, в основе и трансляции, и транскрипции (и репликации) лежит один механизм - узнавание комплементарных нуклеотидов. А вот те самые синтетазы- это другое узнавание - соответствия тРНК и аминокислоты, т.е. разных классов соединений. И оно должно быть очень точным, иначе само понятие кода теряет смысл.  И здесь уже 20 типов аминокислот должны прийти в соответствие с 20 изоакцепторными группами тРНК. Эти самые супрессии возникают, когда нарушается соответствие между аминокислотой и тРНК. Вообще писать довольно долго и нудно - какой-нибудь учебник по молекулярной биологии посмотрите, если есть желание.
Pavel, как думаете, есть смысл в том, что базовые филосовские понятия можно в двоичную схему уложить (две противоположности и пр.)?
А по-поводу споров и их результатов - так это впечатление от просмотра форумов, закономерность. "Отстоять любой ценой свое детище". Может это и хорошо, и заслуживает уважения, но явно не всегда (это не к вам лично).

[pavel]

Смысл в разделение на противоположности конечно есть. И здесь по видимости даже дело не в двоичной системе вообще. Я думаю что такое деление отражает некие фундаментальные онтологические данности и не в последнюю очередь связанные с теми вопросами которые затронуты в данной теме. Например оппозиции материальное-идеальное, целое-часть, возможность-действительность и т.п. приобретают вполне реальные очертания в предлагаемой иерархической онтологии. Так мне представляется что такие негативные оппозиции типа бытие-небытие, истина-ложь, красота-безобразное, добро-зло и т.п. тоже имеют связь с данными построениями, но связаны уже с раскрытием онтологической структуры сознания – это сейчас в круге моих мыслей, что порождено и стимулировано не в последнюю очередь дискуссией в теме «Человек – вершина эволюции».
По поводу уровней биологической информации. У меня возникли определенные мысли после прочтения вашего сообщения. Но здесь необходимо продумать, то есть нужно время. Но и в этом случае мне кажется по крайней мере на данный момент излишним использование понятие информации даже для процессов биосинтеза. Здесь имеется ввиду онтологический уровень описания. То есть мы конечно можем использовать модель где сопоставление аминокислоты триплету считается кодом, но по моему мнению эта модель не будет онтологической, то есть не будет отражать действительность саму по себе, сущность этих процессов и не будет выражать отношений которые существуют истинно в биологической материи. Это подобно отношению описания движения меркурия по орбите вокруг солнца в механике ньютона и в механике ОТО – в приближении (при неучете определенных положений) механика Ньютона описывает движение меркурия, но есть погрешности. ОТО же описывает это движение с абсолютной точностью. То есть в данном случае механика Ньютона не выражает сущности движения меркурия, то есть в этом смысле в данном случае она не онтологична, а ОТО выражает эту сущность абсолютно, поскольку меркурий движется так как предсказывает ОТО. То есть ОТО дает сущность этого движения, а механика ньютона – это определенная модель этого движения правильная только при некоторых допущениях не согласующихся с действительностью, а потому не выражает сущности. Так и предположения об информационной сущности синтеза белка, в данном случае не выражает сущности процесса, а является некой моделью верной только при определенных субъективных допущениях.

[Holism]

...оппозиции материальное-идеальное, целое-часть...

Хотел бы обратить Ваше внимание на работу Девида Бома "Разворачивающееся значение"..
Мое мнение, эти оппозиции являются проявление фрагментарности нашего мышления-восприятия, а также способом упростить модель, чтобы понять. Оппозиции типа целое-часть и тд являются разными аспектами единого явления распадающегося в воспритии наблюдтеля на эти категории.

Кстати, интересно бы было рассмотреть оппозицию структура-функция в рамках этой модели.

[b-graf]

А как насчет геологического уровня ? Географического ? Или наоборот - астрономического ? (А есть еще и факультет почвоведения :-))
Естественно, выделять их следует по другим критериям (затрудняюсь представить, как можно описать геолого-географические или астрономические свойства в предложенной терминологии - а там безусловно есть свойства, не сводимые к тем, что изучают физика и химия).

[pavel]

b-graf
Если вы смотрите на окружающую реальность через призму наличия факультетов в том или ином институте, то я сочувствую вам.
Мало провозглашать – надо что-то и предложить в подтверждение своих слов. Если затрудняетесь то нечего и утверждать. Постоянно одна болтовня – где конкретные примеры?!

[b-graf]

b-graf
Если вы смотрите на окружающую реальность через призму наличия факультетов в том или ином институте, то я сочувствую вам.
 

 
Я любитель кунианского взгляда на развитие науки :-) (правда, жалею, что лакатосианский не получил развития - он на мой взгляд еще лучше, т.к. в бОльшей степени является интерналистским). Т.е. как раз наличие научных сообществ - одно из главных обстоятельств в выделении дисциплин, выработки в них парадигм и открытия на их основе новых фактов. Вполне очевидно, что отделение вопросов геологии от вопросов, скажем, химии, произошло в ходе развития соответствующих научных сообществ. Геология в ходе своего развития выявила явления и закономерности, которые не сводимы к другим. Пример закона геологии: "возраст отложений, слагающих невулканические горы, всегда древнее возраста образований прилегающих равнин" (если что не так - я не виноват, нашел формулировку поисковимком :-)). Все элементы (т.е. "горы", "равнины", "отложения") явно не сводимы к употребляемым в физике и химии (тем же "элементам" - в смысле, уже химическим или физическим, а не указанным элементам описания природы), а изучаемые геологией структуры столь же реальны, что и изучаемые физикой или биологией... В геологии есть столь же сложные понятия для обозначения структур (не только "равнины" - как и в физике "тела"), установленные на поздних стадиях развития науки, как и в физике (ср. "протон" и "тектоническая плита"). Поэтому наличие особых географических или геологических свойств материи ИМХО не требует доказательств, раз их изучение позволило создать целую отдельную отрасль знания. Следовательно, это скорее само выделение каких-то там структур Вами как базовых для установления уровней организации материи или информации (т.е. частей атома или ДНК) само требует дополнительного обоснования, раз имеется большое поле явлений, которые Ваши основания ("Здесь использована модель двоичного кода и только его") не учитывают... Так что повторюсь: "затрудняюсь представить, как можно описать геолого-географические или астрономические свойства в предложенной терминологии ".
 
У меня есть учебник по истории геологии, хоть я мало что о ней так знаю (тем не менее: берегитесь)  :shock:

[b-graf]

(Перенос из ветки про венец эволюции)
 
Что касается вообще претензий философии на обобщение выводов разных разделов естествознания в качестве научного обобщения, то это стремление мне кажется странным. Ведь фактически приходится обобщать выводы, полученные науками, находящимися на разной стадии своего развития (ИМХО все связанное с генетикой можно соотнести с ньютоновским периодом в физике) и мало в этом своем развитии друг с другом связанных. Поневоле это обощение должно быть крайне абстрактным и основываться на редуцированных (к форме, приспособленной к дальнейшему абстрагированию) базовых открытиях и представлениях этих наук. Но вот такой эксперимент мысленный: что если сделать обобщение этих на основе приспособленных к дальнейшему абстрагированию базовых объектах разных наук по состоянию на 1940 г. ? Оно явно будет отличаться от вывода по состоянию на 1965 или 1915 г.: средняя дата будет со структурированным атомом, но без гена, ранняя дата будет и без атома, и без гена, а поздняя - и с атомом,  и с геном. А нынешняя дата отсечения - столь же случайна, как указанные даты (с интервалом в 25 лет - можно и в 40 сделать, и в 15) - т.е. получается обобщение случайно встретившихся во времени выводов разных наук (а что если в биологии в течение следующих 25 лет начнется научная революция и генетика сместится с переднего края в какую-нибудь нишу, как ньютонианская физика ? и ли - еще одна революция в физике ?)... Любое такое обощение нельзя назвать научным ИМХО.

[pavel]

Прошло уже довольно много времени и построения представленные в начале темы уже устарели, особенно что касается психологического уровня организации. Ниже дается краткая редакция обновленного изложения той же темы.


Материя проходит цепь последовательных этапов усложнения: начальная точка – неопределенная, бескачественная материя и конечная точка – это человек (Homo sapiens).
Эти этапы эволюционного восхождения – уровни организации материи, могут быть четко охарактеризованы и не являются случайными.
Предполагается, что механизм организации на всех уровнях организации материи един и может быть получен путем абстрагирования из механизма биологической организации как одной из организаций материи, учитывая то что на сегодня он наиболее изучен. Таким образом, проведя такую абстракцию, мы получим следующий результат:
   механизм любой материальной организации состоит в сопоставлении тройке дискретных образований (триплет) четвертого дискретного образования,
   причем сопоставляемые части (то есть элементы триплета с одной стороны и четвертый элемент с другой) должны быть симметричны по одной из дискретных симметрий: СРТ, С (зарядовая), Р (пространственная), Т (временная).
   Анализ показывает что таких уровней организации можно выделить только четыре: физический, химический, биологический и психологический.  
Рассмотрим последовательно уровни организации от низшего к высшему:
ФИЗИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ.
Это элементарные частицы, так называемая первоматерия. Механизм организации Эл. Частиц на сегодняшний момент не понят, наиболее перспективными являются два пути – теория струн и преонная теория. На наш взгляд этот механизм организации характеризуется следующими параметрами: должны выделяться некие дискретные образования, которые организуются в Эл. Частицу посредством особого рода отношений, подобных генетическому коду – посредством «физического кода». При этом физический код осуществляется между двумя СРТ-симметричными частями. То есть «положительной» СРТ части сопоставляется «отрицательная» СРТ часть и при этом должен соблюдаться принцип триплетности (подобный биологическому).
ХИМИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ
Это атомы и молекулы, то есть вещество. Механизм вполне и достаточно полно может быть охарактеризован. Дискретные образования: с одной стороны – это кварки u и d, а с другой – это электроны. В данном случае выявляется и «химический код»: сопоставление тройки кварков (протон) и одного электрона. Сопоставляемые части С-симметричны (зарядовосимметричны): в протонах и нейтронах всегда присутствуют кварки и отсутствуют антикварки и соответсвенно на атомных орбиталях всегда присутствуют электроны и отсутствуют антиэлектроны (позитроны). Этот факт находит свое выражение и в более привычном виде: ядро всегда положительнозаряжено, а оболочка атома – отрицательнозаряжена. Он выражает собой фундаментальное свойство нашего мира – присутствие вещества и отсутствие антивещества.
БИОЛОГИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ
Это вирусы, прокариоты, эукариотические организмы (растения, грибы, простейшие животные – до губок включительно). Это, как ранее упоминалось, модельный уровень. Дискретные части – четыре вида нуклеотидов с одной стороны и аминокислоты с другой, «биологический код» - это всем известный генетический код: сопоставление трем нуклеотидам одной аминокислоты. Сопоставляемые части Р-симметричны (пространственносимметричны): «правые» нуклеотиды и «левые» аминокислоты, так называемая хиральная чистота биологического вещества.
ПСИХОЛОГИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ
Это все Эуметазоо (можно назвать цефалобионтами), начиная от кишечнополостных и заканчивая млекопитающими. Их характерная черта развитие противопоставляемых тканей, посредством которых формируется новая организация материи – с одной стороны нервной системы, а с другой мышечной. Дискретные элементы соответственно нервные клетки с одной стороны и мышечные (или эпителиально-мышечные у кишечнополостных) клетки с другой. Должен существовать и своего рода «психологический код» в виде отношений этих противопоставляемых частей (на триплетной основе из этих элементов), благодаря которому из реакций отдельных клеток формируется целостный акт поведения животного. Сопоставляемые части Т-симметричны (временносимметричны): нервные клетки всегда определяют реакции мышечных клеток, то есть нервные клетки – это «прошлое», а мышечные – это «будущее».

На каждом уровне мы перечисляли объекты к ним относящиеся. Все они характеризуются тем что обязательно содержат отношения организации того уровня, к которому они принадлежат. Предполагается, что крупные подразделения объектов «внутри» каждого уровня организации так же имеют не случайный характер, а могут быть заданы исходя из онтологического отношения «формы и материи». Открытие данного отношения принадлежит Аристотелю. Всем известен его пример, когда художник в уме конструирует скульптуру – то есть форму, а затем воплощает ее в глину, гипс и т.п. – то есть материю. Оказывается, что вполне реально представить в таком виде и систему природных объектов, основываясь на концепции уровней организации. При этом соблюдается следующие правила:
•   количество «форм» равно количеству предшествующих уровней, включая и рассматриваемый
•   количество «материй» в каждой форме равно количеству предшествующих форм данного уровня организации включая и рассматриваемую.
 Анализ позволяет выявить следующее:

ФИЗИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ

Форма – элементарная частица
Материя – первоматерия

ХИМИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ

Первая форма – атомы
Первоматерия – Эл. Частицы (то есть химическая первоматерия)

Вторая форма – молекулы
Первая материя – не на основе углерода дает неорганические молекулы
Вторая материя – на основе углерода дает органические молекулы

БИОЛОГИЧЕКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ

Первая форма – вирусы
Первоматерия – нуклеотиды и аминокислоты

Вторая форма – прокариоты
Первая материя – скорее всего нанобактерии
Вторая материя – бактерии (эу- и архе-)

Третья форма – эукариоты
Первая материя – растения
Вторая материя – грибы
Третья материя – животные до губок включительно

ПСИХОЛОГИЧЕСКИЙ УРОВЕНЬ ОРГАНИЗАЦИИ

Первая форма – двуслойные
Первоматерия – нервные клетки и эпителиальномускульные

Вторая форма – билатеральные беспозвоночные
Первая материя – первичноротые
Вторая материя – вторичноротые (включая и полухордовых естественно)

Третья форма – низшие хордовые
Первая материя – оболочники
Вторая материя – головохордовые
Третья материя – круглоротые

Четвертая форма – тетраподы
Первая материя – рыбы
Вторая материя – земноводные
Третья материя – рептилии и птицы
Четвертая материя – млекопитающие