Думаю, что именно так все и было. Ведь если вдуматься - зачем им втягивать ноги в полость раковины, если там у них "кормоцех" по выцеживанию еды? Опять же у современных лингул ножка чуть ли крупнее, чем вся раковина со всеми внутренностями и полостями, вместе взятыми, она внутрь просто не поместится. Ну и еще - ежели ножка приросла, как же ее втянуть?
Что касается изменения положения в пространстве - для тех, кто шипами или там цементом крепился к субстрату это вряд ли возможно. А вот для всех остальных, особенно с гладкой раковиной (типа той же Lingula, которая, как известно, роющая форма) - вполне вероятно и даже очень вероятно.