Компьютерные модели эволюции

[Злата]

Народ, а занимается ли кто-нибудь такой работой: компьютерное моделирование мутаций, отбора, изменения популяций и возникновения новых видов, семейств и типов ?

Отвлечемся от момента "зарождения".
Возьмем достаточно развитый организм, имеющий митоз, мейоз, нынешний генетический код.
Например - амебу. У нее есть половое размножение ?

Занесем в компьютер ее гены, вероятности мутаций, скорость размножения и.т.п.
И напишем программу, которая будет симулировать изменения генотипа и их распространение.
Допустим - популяция делится на несколько, не имеющих контактов друг с другом.
За сколько времени они станут разными видами, то есть не смогут скрещиваться?
Через сколько времени появятся многоклеточные организмы ?

[Strongylocentrotus]

Возьмем достаточно развитый организм, имеющий митоз, мейоз, нынешний генетический код. Например - амебу. У нее есть половое размножение ?

Нет, она делится.

Занесем в компьютер ее гены, вероятности мутаций, скорость размножения и.т.п.

Такие вещи более-менее изучены у классических модельных объектов - дрозофилы, дрожжей, лямбда-фага итд.

Допустим - популяция делится на несколько, не имеющих контактов друг с другом.
За сколько времени они станут разными видами, то есть не смогут скрещиваться?

У Тыщенко я читал, что для этого надо от 1000 до 10 000 поколений. Откуда он это взял - не знаю.

Через сколько времени появятся многоклеточные организмы ?

Для этого надо быть уверенным, что многоклеточные организмы произошли от амебы. Меня терзают смутные сомнения, что это не так. В систематике простейших черт ногу сломит. Кто у них там и с кем родня выясняют до сих пор и у каждого свое видение проблемы.

[Дж. Тайсаев]

Я разработал такую самоэволюционирующую модель ещё в далёком кажется 95 году, тогда это был ещё 486 компьютер и операционка ДОС (кажется 6.22 или вроде того) на Борланд Си++
Приводить снова ссылки не буду, они есть где-то на форуме, через поиск найти можно.

[DNAoidea]

если мы говорим об отсутствии полового размножения, то и о мейоза тоже тогда, а заодно и вопрос видообразования тогда тоже теряет смысл... точнее - может найти его и можно, но что считать в этом случае видом уже совсем не ясно.
и вообще - будет новый вид или нет это зависит скорее от тех условий куда мы поместим наши модели, а если они будут просто изолированы, а условия их существования не проставлены - то есть как бы "идеальные", то "виды" будут получатся только за счёт дрейфа, и мы должны будем чисто искуствено сказать  -столько-то накопленных различий - вид. ну и понятно, мы получим всегда одну и ту же цифру - зависящую от того предположения которое мы внесли, в итоге получится, что мы модулируем нашу же собственную модель. И к чему это всё? То есть надо вносить условия существования, но если мы говорим именно об амёбах, а не просто об абстрактных делящихся модулях, то количество условий, которые нам надо будет внести изначально возрастёт неимоверно. и большую часть из них нам надо будет брать с потолка. Может всё-таки лучше смоделировать что-то абстрактное?

[S.N.]

Думаю, что в такой модели амеба никогда не превратится в многоклеточный организм, если не задать заранее механизм возникновения многоклеточности. Вот например на этом сайте у Маркова в Обзорах под номером 24 "Тайные мысли вслух" приведен один из возможных механизмов возникновения многоклеточности. Конечно это умозрительный механизм, но все-таки ...

Компьютер компьютером, но живая модель была бы более интерсной. Если взять живой, ныне существующий одноклеточный организм, поместить в какие-то специальные условия (неизвестно какие), и чтобы этот организм у нас на глазах превращался в многоклеточное, вот это было бы дело!

[Павел Волков]

http://www.biota.org
Может, это поможет? Англоязычный сайт.

[Злата]

Я разработал такую самоэволюционирующую модель ещё в далёком кажется 95 году, тогда это был ещё 486 компьютер и операционка ДОС (кажется 6.22 или вроде того) на Борланд Си++
Приводить снова ссылки не буду, они есть где-то на форуме, через поиск найти можно.

Ой, может найдете ?
Чтобы делать поиск - нужны какие-то "ключевые слова".
Вы их можете помнить, а я - нет.

[Злата]

если мы говорим об отсутствии полового размножения, то и о мейоза тоже тогда, а заодно и вопрос видообразования тогда тоже теряет смысл... точнее - может найти его и можно, но что считать в этом случае видом уже совсем не ясно.

Ой, а правда !
Как определяется вид для организмов, не имеющих полового размножения ?

и вообще - будет новый вид или нет это зависит скорее от тех условий куда мы поместим наши модели, а если они будут просто изолированы, а условия их существования не проставлены - то есть как бы "идеальные", то "виды" будут получатся только за счёт дрейфа, и мы должны будем чисто искуствено сказать  -столько-то накопленных различий - вид. ну и понятно, мы получим всегда одну и ту же цифру - зависящую от того предположения которое мы внесли, в итоге получится, что мы модулируем нашу же собственную модель. И к чему это всё? То есть надо вносить условия существования, но если мы говорим именно об амёбах, а не просто об абстрактных делящихся модулях, то количество условий, которые нам надо будет внести изначально возрастёт неимоверно. и большую часть из них нам надо будет брать с потолка. Может всё-таки лучше смоделировать что-то абстрактное?

А если сделать эту программу в виде компьютерной игрушки ? Типа Сим-Сити ?
Она разойдется по миллионам детей - и пусть себе меняют климат, влажность и хищников.
Примитивный Тамагочи разошелся многомиллионным тиражом.

[Дж. Тайсаев]

Злате. Вот, правда старая версия, более новая дорабатывалась уже не мной, но там нет принципиальных отличий, просто добавленна стохастичная изменчивость и модель сделана более открытой (там не резервируется ограниченный объём памяти и массивов как в моей). А в остальном всё тоже самое.
Правда можно было конечно вместо пикселей создать более похожие модели на протист например, но тогда памяти даже у современных компьютеров не хватит. Есть у меня одна задумка с кластерными системами из множества компьютеров в сети, но для этого нужны профессиональные разработчики.

[Злата]

Злате. Вот, правда старая версия, более новая дорабатывалась уже не мной, но там нет принципиальных отличий, просто добавленна стохастичная изменчивость и модель сделана более открытой (там не резервируется ограниченный объём памяти и массивов как в моей).

Спасибо, скачала !
А что запускать-то ?
Не нашла *.exe
Или ее скомпиллировать надо ?

[DNAoidea]

Как определяется вид для организмов, не имеющих полового размножения?

вот в том-то и проблема, что если ещё для организмов с половым размножением (или его аналогами как конъюгация инфузорий) определения есть (зачастую те, кто описывает новые виды о них знать не желает, но это уже другой вопрос), то для организмов такие как бактерии и уж тем более как вовсе не имеющие половой процесс (честно говоря, в последнее верится с трудом и я более склонен думать, что его просто не обнаружили пока...) определений строго говоря нет вовсе... я тут как-то пытался их составить (основываясь на возможности "замены" одних другими с той же нише), но участия это не нашло...

А если сделать эту программу в виде компьютерной игрушки ? Типа Сим-Сити ?
Она разойдется по миллионам детей - и пусть себе меняют климат, влажность и хищников.
Примитивный Тамагочи разошелся многомиллионным тиражом.

вот тут наверное что-то есть... но я вообще не знаю как там построены вещи типа Симс-Сити - может там на деле и индивидуумов-то нет? Однако всё равно тут наверняка до уровня амёб ещё далеко...

[Дж. Тайсаев]

Спасибо, скачала !
А что запускать-то ?
Не нашла *.exe
Или ее скомпиллировать надо ?

exe файл гдето потерял (впрочем в экспи и висте он всё равно врятли пошел бы), а компилятора под окошки у меня уже нет, да и переделывать много надо, но это даже для  начинающего программиста не проблема. Кстати если кто нибудь её перекроит, зашлите сюда переделанный вариант.

А по поводу эволюционного аналога сим-сити, он есть давно, от того же разработчика сим-лайф например, есть ещё, правда по мне не очень удачная игручка кричерс.

[Злата]

вот тут наверное что-то есть... но я вообще не знаю как там построены вещи типа Симс-Сити - может там на деле и индивидуумов-то нет? Однако всё равно тут наверняка до уровня амёб ещё далеко...

Я представляю себе такую программу. На языке типа "Дельфи", где хорошее "объект-ориентирование" и удобство для программиста.

Пишется объект "ген", с возможными "аллелями".
Вероятности мутаций. Доминантный/рецессивный.

Пишется "объект" "организм".
У него как параметр - набор генов. Время рождения.
И как-то надо запрограммировать зависимость "выживания" от этих генов.
Причина гибели может быть насильственная (съели), голодная, температурная.
Просто не встретил партнера для размножения.
Не нужно держать "элемент" для каждой зверюшки. Вся группа с одинаковым генотипом может быть одной записью.

Дальше - заводим несколько видов живых существ. С совсем разной генетикой.
Одни могут жрать других.
А потом можно еще баловаться с измерениями климата.

И пусть живут. Памяти 2 Гбайта - хватит на довольно большую компанию при таком построении иерархии.

Еще в программе должен быть "файл протокола". Который записывает изменения.

[zK]

А вот тут это уже обсуждалось

Или можете вот это попробовать скачать

[Злата]

А вот тут это уже обсуждалось

Или можете вот это попробовать скачать

Спасибо.
Буду разбираться, что там конкретно можно скачать.